Akmenynų pradžios mokykla, įkurta 1918 m. balandžio 15 d., veikė pas ūkininkus Aleksandrą Vasiliauską, Mykolą Kirilevičių, Praną Varanką, Jurgį Asijavičių, Jurgį Misiukevičių, Juozą Bertešką. Pirmasis mokytojas Andrius Papečkys, 1931-1941 metais – Jonas Juodeška.

1939 m. pastatytas naujas mokyklas pastatas.

Mokyklos raidos etapai:

1918-1949 – pradinė mokykla

1949-1954  – septynmetė mokykla

1954- 1962 – vidurinė mokykla, Kalvarijos rajonas

1962- 1989 – aštuonmetė mokykla, Kapsuko rajonas

1989-1994 – devynmetė mokykla, Kapsuko rajonas

1987-1988 – nepilna vidurinė mokykla, Kapsuko rajonas

1993 – pagrindinė mokykla, Marijampolės rajonas

2000 –  pagrindinė mokykla, Kalvarijos savivaldybė

1964 m. pastatytas aštuonių klasių priestatas.

1972 m. įkurti lietuvių kalbos, matematikos, biologijos, fizikos, užsienio kalbų kabinetai.

1988 m. mokytojas Algimantas Babeckas įkūrė mokyklos muziejų.

Mokyklą baigė apie 1250 mokinių, dirbo  apie 160 mokytojų.

 

Mokyklos direktoriai:

1948-1951   – Silvestras Svenciūnas

1951-1958 – Leonas Sincevičius

1958-1962 – Justinas Šačkus

1962-1963 – Gediminas Turūta

1963-1970 – Ferdinandas Tamošaitis

1970-1971 – Alytė Grabauskienė

1972-2008 – Aldona Kraukšlienė

2008  –         Alė  Marija Sidarienė

 

Mokyklos pavaduotojai:

1959-1967 – Gedeminas Turūta

1967-1971 – Alytė Grabauskienė

1971-1972 – Aldona Kraukšlienė

1974-1979 – Joana Jakubonienė

1980-1981 – Regina Drižnienė

1985-1989 – Milda Alesiūtė

1998-1999 – Albinas Niuklys

2001-2009 – Janina Šmigelskaitė

2009-2010 – Gerda Palšienė

2010-2011 – Eglė Jakšaitytė

2011-        – Janina Šačikauskienė

 

Šiuo metu mokykloje dirba buvę jos mokiniai:

Direktorė Alė Marija Sidarienė (Kraukšlytė)

Matematikos vyresnioji mokytoja Anelė Botyrienė (Virbickaitė)

Istorijos mokytojas metodininkas Algimantas Babeckas

Pavaduotoja ugdymui Janina Šačikauskienė (Šmigelskaitė)

Nuo 2003 m. liepos 1 d. prie Akmenynų pagrindinės mokyklos buvo prijungtas Aistiškių pradinės mokyklos skyrius. 2007 m. sumažėjus mokinių skaičiui Aistiškių skyrius buvo uždarytas.

Nuo 2014 m. rugsėjo 19 d. mokyklai priklauso Kalvarijos sav. Akmenynų pagrindinės mokyklos Aistiškių universalus daugiafunkcis centras.